Kotonizasyon, keten, kenevir vb bitkisel kaynaklı liflerde havuzlama süresi geciktirildiğinde pektin parçalayıcı bakterilerin, lif demetlerinin içine girerek lif demetlerini parçalaması sonucu uzun lifler yerine kısa, çürük ve kolaylıkla parçalanabilen liflerin oluşmasına denir.
Kotonizasyon işleminde kenevir lifleri, keten lifleri gibi lifler kimyasal veya biyolojik işlemlerle kısa kesikli lifler elde edilir. Kotonize, keten, kenevir vb. gibi birçok elyafı pamuk makinelerinde çalışabilecek kısa ştapellere dönüştüren bir işlemdir.
Ilık suda yapılan havuzlama işleminde kotonize olma durumu daha çok görülmektedir. Bu nedenle havuzlama zamanını ve havuzlama olgunluğunu iyi kontrol etmek gerekir.
Özellikle kotonize edilmiş kenevir lifleri bazik işlemlere karşı oldukça mukavemetlidir.